วันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 สำนักหอสมุดดำเนินงานจัดตั้งหอประวัติมหาวิทยาลัยนเรศวรขึ้น ตามนโยบายของมหาวิทยาลัย เพื่อดำเนินงานจัดเก็บเอกสารและจัดแสดงข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับประวัติความเป็นมาของมหาวิทยาลัยนเรศวร ตั้งแต่เป็นวิทยาลัยวิชาการศึกษา มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒพิษณุโลก และมหาวิทยาลัยนเรศวร ตลอดทั้งได้ดำเนินงานจัดทำฐานข้อมูลหอประวัติมหาวิทยาลัยนเรศวรเผยแพร่บนระบบเครือข่าย
สำนักหอสมุดดำเนินการจัดซื้อ OPAC Web Server และขยายจำนวน User Licenses เพิ่มจำนวน 6 Licenses รวมเป็น 18 Licenses
กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2543 ทำการUpgrade INNOPAC เป็น Release 12
พฤษภาคม พ.ศ. 2543 ทำการUpgrade INNOPAC เป็น Release 2000 A
มิถุนายน พ.ศ. 2543 ทำการUpgrade INNOPAC เป็น Release 2000 B
กรกฎาคม พ.ศ. 2543 ทำการUpgrade INNOPAC เป็น Release 2000 C
สิงหาคม พ.ศ. 2543 จัดซื้อWebOPAC และ Install WebOPAC
ตุลาคม พ.ศ. 2543 เปิดการบริการWebOPAC
สำนักหอสมุดดำเนินงานความร่วมมือให้บริการฐานข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ของทบวงมหาวิทยาลัยที่จัดซื้อในโครงการพัฒนาเครือข่ายห้องสมุดในประเทศไทย(ThaiLIS) ใช้ร่วมกัน 24 แห่ง จำนวน 4 ฐาน คือ ERIC, MEDLINE with TOXLINE and AIDSLINE, DAO, ABI/Inform Full text
สำนักหอสมุดได้จัดซื้อฐานข้อมูล Electronic Journals ไว้ให้บริการ จำนวน 5 ฐาน คือ Emerald Full text, Springer Link, ACS (American Chemical Society), AIP (American Institute of Physics), HW Wilson OmmiFile และ Grolier Online