สำนักหอสมุดมีการดำเนินงานความร่วมมือในโครงการพัฒนาระบบเครือข่ายห้องสมุดมหาวิทยาลัยส่วนภูมิภาค(PULINET) จำนวน 14 แห่ง และโครงการพัฒนาระบบเครือข่ายห้องสมุดสถาบันอุดมศึกษา (ThaiLIS) จำนวน 24 แห่ง และโครงการพัฒนาระบบเครือข่ายห้องสมุดในประเทศไทย (UniNET) ซึ่งสำนักหอสมุดได้มีการดำเนินงานตามโครงการความร่วมมือมาอย่างต่อเนื่องของทุกฝ่ายและงาน เพื่อจะได้นำไปสู่การปรับปรุงพัฒนาสำนักหอสมุด มหาวิทยาลัยนเรศวรให้สอดคล้องกับความก้าวหน้าทางเทคโนโลยี และตอบสนองต่อการศึกษาเรียนรู้ด้วยตนเอง และเป็นดัชนีบ่งชี้คุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยนเรศวรให้ได้มาตรฐาน ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง มาตรฐานห้องสมุดสถาบันอุดมศึกษา พ.ศ. 2544
การดำเนินความร่วมมือ โครงการ Journal Link ได้ดำเนินงานจัดทำฐานข้อมูล Journal Link ซึ่งเป็นฐานข้อมูลระบบเครือข่ายชี้แหล่งวาร และการรับ – ส่ง สำเนาบทความวารสารในรูปอิเล็กทรอนิกส์ โดยความร่วมมือระหว่างห้องสมุดทั่วประเทศ จำนวน 177 แห่ง
วันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2542 สำนักหอสมุดได้ดำเนินการ ห้องสมุดสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพจากคณะเภสัชศาสตร์ มาที่ชั้น 5 คณะแพทยศาสตร์(ปัจจุบันคือคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์)
และ ปรับปรุงการให้บริการยืม – คืน ทรัพยากรห้องสมุดด้วยระบบบาร์โค้ด
วันที่ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2542 สำนักหอสมุดดำเนินการ จัดตั้งศูนย์เทปและหนังสือธรรมะท่านผู้หญิงมณีรัตน์ บุนนาค และเปิดให้บริการเป็นทางการตามเจตนารมณ์ของท่านผู้หญิงมณีรัตน์ บุนนาค ที่ได้มีจิตศรัทธามอบเทป หนังสือพระไตรปิฎก และหนังสือธรรมะให้กับมหาวิทยาลัยนเรศวร และมีการจัดทำฐานข้อมูลเผยแพร่บนระบบเครือข่าย
สำนักหอสมุด ได้มีการดำเนินงานจัดทำหน้าสารบัญวารสารภาษาต่างประเทศ(Current Content) ให้บริการบน Home Page ของสำนักหอสมุด เพื่ออำนวยความสะดวกในการสืบค้นบทความวารสารได้อย่างรวดเร็วยิ่งขึ้น โดยไม่ต้องค้นหาจากตัวเล่ม
สำนักหอสมุดดำเนินงานการจัดทำฐานข้อมูลทรัพยากรสารสนเทศห้องสมุดวิทยาเขตสารสนเทศพะเยาด้วยระบบห้องสมุดอัตโนมัติ INNOPAC และให้บริการยืม – คืน ด้วยระบบบาร์โค้ด
ดำเนินงานความร่วมมือโครงการศูนย์ข้อมูล British Council เพื่อให้บริการเอกสารสิ่งพิมพ์สารสนเทศ หนังสือคู่มือ หลักสูตรการศึกษา และ CD-ROM และแนะนำข้อมูลเกี่ยวกับการศึกษาของกลุ่มประเทศอังกฤษ จำนวน 958 รายการ
สำนักหอสมุด จัดซื้อUser Licenses เพิ่ม จำนวน 4 Licenses รวมเป็น 12 Licenses และทำการ Upgrade OS UNIX เป็น Version 4.0 D